Алексей Малашенко — председатель программы «Религия, общество и безопасность» в Московском Центре Карнеги.

В 2000–2006 гг. А. Малашенко являлся профессором Московского государственного института международных отношений МИД России. В 2007–2008 гг. он также преподавал в Государственном университете — Высшей школе экономики. В 1999–2001 гг. А. Малашенко был ведущим научным сотрудником Института востоковедения РАН, в 1986–99 гг. заведовал сектором религии в Институте востоковедения, где ранее, с 1976 по 1982 год, являлся научным сотрудником. В 1990 году Алексей Малашенко также работал в качестве приглашенного профессора в Колгейтском университете (США).

В 1982–86 гг. А. Малашенко был редактором журнала «Проблемы мира и социализма». В 1979–1980 гг. он являлся советником в экспедиции АН в Ливии. В 1974–1976 гг. А. Малашенко проходил в Алжире службу в советских Вооруженных силах, а в 1972 году — языковую практику в Египте и Туркмении.

А. Малашенко является членом экспертного совета РИА Новости, членом редакционной коллегии журналов «Центральная Азия и Кавказ» и «Вестник Евразии», членом редколлегии бюллетеня «Россия и мусульманский мир».

Алексей Малашенко — автор и редактор 18 книг на русском, английском, французском и арабском языках, среди которых: «Islam in Central Asia», «Время Юга» (с Дмитрием Трениным), «Исламская альтернатива и исламистский проект», «Ислам для России», «Мой ислам».